Ο Ιωάννης Καποδίστριας γεννήθηκε το 1776 στην Κέρκυρα, όπου και μεγάλωσε, σε αριστοκρατικό περιβάλλον. H βενετοκρατούμενη για τέσσερις αιώνες (1386-1797) Κέρκυρα, υπήρξε μια πόλη που είχε πολλά από τα χαρακτηριστικά των δυτικοευρωπαϊκών πόλεων: συγκροτημένη αστική τάξη, σύνθετη αλλά οριοθετημένη κοινωνική διαστρωμάτωση, οργανωμένους διοικητικούς και αυτοδιοικητικούς θεσμούς, φεουδαλικού τύπου γαιοκτησία, ανεπτυγμένο εμπόριο κλπ. Ταυτόχρονα, όμως, παρουσίαζε και σταθερά στοιχεία ελληνικότητας: συντριπτική πλειοψηφία του ελληνικού στοιχείου και κοινή χρήση της ελληνικής γλώσσας ως καθομιλουμένης, κυρίαρχη παρουσία της ορθόδοξης πίστης με ελεύθερη την εξωτερική λατρεία κλπ.
Ακολουθώντας την πορεία των νεαρών ευγενών της εποχής του, ο Καποδίστριας σπούδασε Ιατρική στην Πάδοβα της Ιταλίας (1794-1797) και μετά το τέλος των σπουδών του επέστρεψε στη γενέτειρά του όπου εξάσκησε το ιατρικό λειτούργημα.
Η επιστροφή του Ι.Κ. από την Ιταλία (Ιούλιος 1797) συνέπεσε με την κατάλυση της Βενετοκρατίας και την έλευση των Δημοκρατικών Γάλλων στο νησί, οι οποίοι επιδίωξαν ριζική αλλαγή των κοινωνικών δομών. Η προσπάθεια των Γάλλων, που βρήκε ενάντια κυρίως την αριστοκρατία, διακόπηκε πριν προλάβει να επηρεάσει ουσιαστικά την κερκυραϊκή κοινωνία. Στα 1799, μετά από τετράμηνη πολιορκία της Κέρκυρας από το ρωσσοτουρκικό στόλο, οι Γάλλοι αποχώρησαν. Το 1800 ιδρύθηκε η Επτάνησος Πολιτεία, το πρώτο νεοελληνικό κρατικό μόρφωμα, υπό τον έλεγχο κυρίως των Ρώσων.
Έτσι, οι συντηρητικοί κύκλοι έρχονται ξανά στα πράγματα. Τότε ξεκινά η εμπλοκή του Ι.Κ. με την ενεργό πολιτική.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας, έκτο παιδί από τα οχτώ του κόμη Αντωνίου-Μαρία Καποδίστρια και της ευγενούς Αδαμαντίνης Γονέμη, μεγάλωσε σ' ένα αυστηρά πατριαρχικό και θρησκευόμενο περιβάλλον, το οποίο προσδιόρισε σε μεγάλο βαθμό τις πεποιθήσεις του. Έτρεφε απέραντο σεβασμό στον πατέρα του, αξιόλογο νομικό και ισχυρή πολιτική προσωπικότητα της εποχής, εκφραστή της πιο συντηρητικής μερίδας των ευγενών της Κέρκυρας.
Ο Αντωνομαρίας, που είχε ήδη αναπτύξει στενές σχέσεις με τους Ρώσους, ορίστηκε ένας εκ των δύο αντιπροσώπων των Επτανησίων και παρακολούθησε στην Κωνσταντινούπολη (1799-1800) τις διαπραγματεύσεις μεταξύ Υψηλής Πύλης και Ρωσίας, που είχαν ως αποτέλεσμα την ίδρυση του συνταγματικού κράτους της «Επτανήσου Πολιτείας».
Με την εγκατάσταση των ρωσοτουρκικών στρατευμάτων στην Κέρκυρα, τον Απρίλιο του 1799, ο Ι.Καποδίστριας διορίζεται διευθυντής του στρατιωτικού οθωμανικού νοσοκομείου.
Επίσης, πρωτοστατεί, ως γενικός Γραμματέας, στην ίδρυση του «Εθνικού Ιατρικού Συλλόγου» (1802), όπου γίνονται ανακοινώσεις επιστημονικού περιεχομένου και της «Φιλολογικής Εταιρείας των Φίλων», όπου δίνονται διαλέξεις φιλολογικού και λογοτεχνικού χαρακτήρα.
Το καλοκαίρι του 1801, ο Ι.Καποδίστριας, αντιπροσωπεύοντας τον πατέρα του, μεταβαίνει στην Κεφαλλονιά, για να εφαρμόζει το Σύνταγμα. Ο μόλις εικοσιπεντάχρονος Ι.Κ. κατορθώνει να επιβάλει την τάξη, οργανώνει και εγκαθιστά με δυναμισμό τη νέα νόμιμη διοίκηση.
Τον Απρίλιο του 1803, ο Ι.Κ. διορίζεται ομόφωνα από τη νέα ψηφισμένη Γερουσία Γραμματέας της Επικρατείας επί των Εξωτερικών, των Ναυτικών και του Εμπορίου της Επτανήσου Πολιτείας. Διαπιστώνοντας την έλλειψη κατάλληλου προσωπικού για τη διοίκηση, εισηγείται τη δημιουργία μιας σχολής «επιμορφώσεως των υπαλλήλων», για να γνωρίσουν καλύτερα την ελληνική γλώσσα και «τα καθήκοντα του ανθρώπου και του πολίτη». Προτείνει μάλιστα να διδάξει ο ίδιος, αμισθί, το μάθημα «της αισθητικής της κρίσεως και της σκέψεως». Η απόφαση καθυστερεί να εφαρμοστεί λόγω έλλειψης χρημάτων.
Κατά τη διετία 1804-1806, ο Ι.Κ., ως Επιθεωρητής της Εκπαιδεύσεως, θεμελιώνει και οργανώνει τη Δημόσια Σχολή, επιμελείται την επαναλειτουργία της Δημόσιας Βιβλιοθήκης, την εποπτεία της οποίας αναλαμβάνει προσωπικά, ενώ μεριμνά για την ίδρυση 40 σχολείων στοιχειώδους εκπαίδευσης σε όλα τα Επτάνησα.
Τον Ιούνιο του 1807, ο Ι. Καποδίστριας διορίζεται (από τη Γερουσία) έκτακτος επίτροπος στη Λευκάδα και συντονιστής των στρατιωτικών επιχειρήσεων στην περιοχή, την οποία προσπαθούσε να καταλάβει ο στρατός του Αλή Πασά. Διοργανώνει την άμυνα του νησιού και έρχεται για πρώτη φορά σε επαφή με Έλληνες πολέμαρχους, μεταξύ των οποίων τον Μπότσαρη και τον Κολοκοτρώνη, με τους οποίους εντυπωσιάζεται.
Τον Σεπτέμβριο όμως, επιστρέφει στην Κέρκυρα, καθώς με τη Συνθήκη του Τιλσίτ (8 Ιουλίου 1807), τα Επτάνησα παραχωρούνται στους Αυτοκρατορικούς Γάλλους.
Ήδη από το Δεκέμβριο του 1803, ως Γραμματέας Επικρατείας, ο Ι.Κ. συνεργάζεται στενά με τον Ρώσο πληρεξούσιο κόμη Γεώργιο Μοντσενίγο στη διαμόρφωση νέου Συντάγματος. Για το συγκεκριμένο αυτό Σύνταγμα, ο ίδιος ο Καποδίστριας πίστευε ότι, παρά τις ατέλειές του, έδινε τις δυνατότητες στους Επτανησίους για διοικητική αυτονομία και εκπαίδευση, στοιχεία που θεωρούσε βασικά για την περαιτέρω ανάπτυξη του κράτους.
Στις 15 Μαρτίου 1804 ο Τσάρος της Ρωσίας Αλέξανδρος Α΄ απονέμει στον Ι. Καποδίστρια το βαθμό του κολλεγιακού συμβούλου.
Οι Ρώσοι, φεύγοντας το 1807 από την Κέρκυρα, του προτείνουν να τους ακολουθήσει, αλλά εκείνος αναβάλει την αναχώρησή του. Οι Γάλλοι, νέοι κυρίαρχοι του νησιού, θα του προτείνουν συνεργασία με δελεαστικούς όρους, εκείνος όμως αρνείται ευγενικά.
Τελικώς, τον Αύγουστο του 1808, ο Ι.Κ., στον οποίον απονέμεται από τον Τσάρο Αλέξανδρο το παράσημο του ιππότη του Τάγματος της Αγίας Άννας, φεύγει για την Αγία Πετρούπολη, ύστερα από πρόσκληση που του έστειλε ο Ρώσος Υπουργός Εξωτερικών κόμης Ρομαντζώφ