Όπως πολλοί από τους διπλωμάτες και πολιτικούς της εποχής του, ο Καποδίστριας ήταν και άνθρωπος των γραμμάτων. Όταν ακόμη τα Ιόνια Νησιά ανήκαν στην ασθμαίνουσα Βενετική Δημοκρατία, οι βασικές επιλογές που προσφέρονταν στους γόνους των αριστοκρατικών οικογενειών του Ιονίου ήταν η νομική και η ιατρική. Σπούδασε λοιπόν ιατρική στο Πανεπιστήμιο της Πάδοβας, επέδειξε ωστόσο από νωρίς ευρύτητα ενδιαφερόντων. Τα αρχειακά του κατάλοιπα δείχνουν πως ασχολήθηκε με θέματα ιστορίας, γλώσσας και παιδείας γενικότερα. Μάλιστα, ήταν ο 'μυστικός' συγγραφέας κάποιων κειμένων που δημοσιεύτηκαν με τα ονόματα φίλων και συνεργατών του. Δικής του έμπνευσης ήταν και η 'Φιλόμουσος Εταιρεία' (1814), η οποία συνόψισε το όραμα του διανοητικού του κύκλου για ένα 'Ορθόδοξο Διαφωτισμό' του αναγεννόμενου ελληνισμού.
Ο Καποδίστριας ενδιαφερόταν ιδιαίτερα για θέματα ιστορίας και παιδείας γενικότερα. Το ενδιαφέρον αυτό καταγράφεται στα πολλά υπομνήματα, σημειώσεις και σχεδιάσματα κειμένων που υπάρχουν στο αρχείο του ή ακόμη και στα κατάλοιπα των βιβλίων που βρέθηκαν στη βιβλιοθήκη του.Έγραψε πολλά σημειώματα ιστορικού περιεχομένου, τα περισσότερα από τα οποία έμειναν αδημοσίευτα, ενώ όσα είδαν το φως, ήταν με το όνομα κάποιου από τους φίλους και συνεργάτες του, για παράδειγμα, το βιβλίο Histoire Moderne de la Grèce depuis la chute de l'Empire d'Orient, που εκδόθηκε στη Γενεύη το 1828 από τον Φαναριώτη λόγιο Ιακωβάκη Ρίζο Νερουλό, ή το υπόμνημα Précis historique sur l'état actuel de l'Eglise orthodoxe (non réunie) d'Orient, που ο Μητροπολίτης Άρτας Ιγνάτιος παρέδωσε στον Τσάρο το 1809.
Το ενδιαφέρον του Καποδίστρια για την παιδεία αποτυπώνεται κυρίως στην ίδρυση, μετά από πρωτοβουλία δική του και κάποιων φίλων του, της "Φιλομούσου Εταιρείας". Σκοπός της Εταιρείας, η οποία ιδρύθηκε το 1814 στη Βιέννη, ήταν να βοηθήσει νέους από την Ελλάδα να σπουδάσουν σε ευρωπαϊκά πανεπιστήμια και να προετοιμάσει έτσι το έδαφος για την πνευματική αναγέννηση της χώρας. Σε αυτό το εγχείρημα ο Καποδίστριας δεν ήταν μόνος του: συνεργάστηκε στενά με τον πνευματικό του δάσκαλο και καθοδηγητή, τον Μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας πλέον Ιγνάτιο, τον Φαναριώτη Αλέξανδρο Στούρτζα και την αδερφή του Ρωξάνδρα, τον Κερκυραίο λόγιο Ανδρέα Μουστοξύδη, τον Ζακυνθινό διπλωμάτη Γεώργιο Μοτσενίγο κ.α.
Μπορεί να φανεί περίεργο σε εμάς σήμερα, αλλά ο Καποδίστριας δεν μιλούσε- και κυρίως δεν έγραφε- με τόση ευχέρεια τα λόγια ελληνικά, εν αντιθέσει με τα ιταλικά και τα γαλλικά. Αυτό ήταν συνηθισμένο για τους Κερκυραίους ευγενείς της εποχής του, οι οποίοι διδάσκονταν δίπλα σε Ιταλούς δασκάλους και σε ιταλικά πανεπιστήμια. Ο Καποδίστριας διδάχθηκε πιο συστηματικά τα λόγια ελληνικά όταν ήταν πλέον στη Ρωσία, μετά το 1809, με δάσκαλους και πάλι τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο και τον λόγιο γραμματέα του, Δημήτριο Μόστρα.
Ο Καποδίστριας μοιραζόταν τις ιδέες του με ένα κύκλο ανθρώπων που εμποτίζονταν από τα ιδανικά του Ορθόδοξου Διαφωτισμού. Ο Ορθόδοξος Διαφωτισμός έφερνε μαζί δύο ελληνικές παραδόσεις του 18ου αιώνα: τον λεγόμενο «Αδριατικό Διαφωτισμό» που αναπτύχθηκε στην περιοχή του Ιουνίου με κύριους εκφραστές τον Ευγένιο Βούλγαρη και τον Νικηφόρο Θεοτόκη, και τον «Φαναριώτικο Διαφωτισμό» που αναπτύχθηκε ως μέρος των «Οθωμανικών Διαφωτισμών» στην περιοχή των Παραδουνάβιων Ηγεμονιών με κύριους εκφραστές τους Φαναριώτες λόγιους και το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Ο διανοητικός κύκλος του Καποδίστρια περιλάμβανε ανθρώπους όπως τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο και τον λόγιο γραμματέα του Δημήτριο Μόστρα, τους Φαναριώτες λόγιους Αλέξανδρο Στούρτζα και Ιακωβάκη Ρίζο Νερουλό, τον Κερκυραίο λόγιο Ανδρέα Μουστοξύδη κ.α. Μετά το Συνέδριο της Βιέννης (1814), οι άνθρωποι αυτοί εναπέθεταν τις ελπίδες του για την απελευθέρωση της Ελλάδας, και γενικότερα για μια συντηρητικά φιλελεύθερη μεταρρύθμιση της κοινωνίας, στον Τσάρο Αλέξανδρο Α'. Στα χρόνια μετά το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης και απογοητευμένοι από τη στάση της Ρωσίας απέναντί της, οι περισσότεροι από αυτούς επαναπροσανατολίζουν την πολιτική τους θέση.