Ο Καποδίστριας φθάνει στη ρημαγμένη Ελλάδα αποφασισμένος να την αναμορφώσει με βάση ένα συγκεκριμένο σχέδιο, το οποίο για την εφαρμογή του προϋπέθετε συγκέντρωση των εξουσιών. Εξασφάλισε, υποσχόμενος ότι σύντομα θα συγκαλούσε Εθνοσυνέλευση, την προσωρινή αναστολή του συντάγματος της Τροιζήνας. Κατάφερε, στην αρχή, να εξασφαλίσει τη συνεργασία εκπροσώπων από όλες τις ηγετικές ομάδες, τους σημαντικότερους των οποίων τοποθέτησε σε ένα συμβουλευτικό σώμα, το Πανελλήνιο. Έτσι πέτυχε να επικρατήσει εσωτερική ειρήνη, να οργανωθεί στοιχειωδώς η διοίκηση, να λειτουργήσει με κάποια επάρκεια ο κυβερνητικός μηχανισμός, να ληφθεί μέριμνα για τα ορφανά και γενικά για όσους ήταν τελείως απροστάτευτοι. Η χώρα απέκτησε ασφάλεια και τέθηκαν οι βάσεις μιας ομαλής πορείας. Για τον Κυβερνήτη προτεραιότητα είχε η εκδίωξη των Τούρκων και των Αιγυπτίων από την Πελοπόννησο και τη Στερεά και η εξασφάλιση όσο το δυνατόν ευρύτερων συνόρων για το υπό σχηματισμό κράτος.
Κατά τον Καποδίστρια η Ελλάδα του 1828 δεν ήταν ώριμη για συνταγματικό πολίτευμα. Προείχε η απελευθέρωση της χώρας, η διεθνής αναγνώρισή της και ο καθορισμός ασφαλών συνόρων, η ηθική και πνευματική βελτίωση του πληθυσμού, και η διανομή γαιών στους ακτήμονες, για να απαλλαγούν από τις κοινωνικο-οικονομικές ανάγκες που επέβαλλαν την εξάρτησή τους από ισχυρούς προστάτες. Όταν οι όροι αυτοί θα πραγματοποιούνταν -κυρίως η διεθνής αναγνώριση της Ελλάδας και ο σχηματισμός ισχυρής τάξης μικρών καλλιεργητών- ο κρατικός πατερναλισμός θα μπορούσε να συνδυαστεί με μια μορφή συνταγματικότητας.
Στη διοίκηση συγκεκριμένα ο Καποδίστριας προσπάθησε, με τον διορισμό έκτακτων επιστρόπων και προσωρινών διοικητών, να αποσπάσει τους πολλούς από την κηδεμονία των προκρίτων και των οπλαρχηγών και να περιορίσει έτσι την πολιτική τους δύναμη στις επαρχίες, καθώς και τις διασπαστικές φυγόκεντρες τάσεις τους. Με την απασχόληση, εξάλλου, των σπουδαιότερων από τους προκρίτους στο Πανελλήνιο ή σε άλλες υπηρεσίες, κάτω από τον άμεσο έλεγχό τους, απέβλεψε στην εξασθένιση της τοπικής τους επιρροής.
Με τον νέο οργανισμό του στρατού επιχείρησε να μετατρέψει σε εθνικό στρατό τα σώματα των ατάκτων, τα οποία ώς τότε κατευθύνονταν και πληρώνονταν από τους οπλαρχηγούς. Αυστηρό έλεγχο επέβαλε στα οικονομικά, ώστε να παταχθούν οι καταχρήσεις των οικονομικά ισχυρών και να αυξηθούν οι κυβερνητικοι πόροι.
Παράλληλα, εργάστηκε για την αποδυνάμωση των διαφόρων πολιτικών φατριών. Χρησιμοποιώντας τον κρατικό μηχανισμό, τον οποίο σταδιακά επάνδρωσε με ανθρώπους αφοσιωμένους στο πρόσωπό του -κατά προτίμηση με ετερόχθονες σπουδαγμένους στην Ευρώπη- προσπάθησε να εδραιώσει στους πολλούς την πεποίθηση ότι μόνο στην Κυβέρνηση και όχι στις πολιτικές ομάδες θα μπορούσαν να στηριχθούν για την προώθηση των συμφερόντων τους. Με ελεγχόμενη διοίκηση μπόρεσε, με σχετική ευκολία, να εξασφαλίσει την πλήρη συναίνεση της Δ΄ Εθνοσυνέλευσης (11 Ιουλίου-6 Αυγούστου 1829) στο έργο του.
Ωστόσο, οι προθέσεις του Κυβερνήτη δεν ήταν εύκολο να πραγματοποιηθούν με τη δεδομένη κοινωνική πραγματικότητα της χώρας. Όταν συνάντησε ποικίλες αντιδράσεις, δεν μπόρεσε ή δεν θέλησε να εξασφαλίσει, με λελογισμένες υποχωρήσεις σε κάποιους έστω διαφωνούντες, τις αναγκαίες ισορροπίες για την επιτυχία των στόχων του και αναγκάστηκε να καταφύγει σε αυταρχικά μέτρα.
Στις προτεραιότητες της καποδιστριακής πολιτικής ήταν και η επέκταση της στοιχειώδους μόρφωσης μέσω των αλληλοδιδακτικών σχολείων, της συγκέντρωσης και της εκπαίδευσης των ορφανών στο Ορφανοτροφείο της Αίγινας, της δημιουργίας Κεντρικού Σχολείου για τη μόρφωση των μελλοντικών δασκάλων κ.ά.
Σε όλη αυτή την προσπάθεια κυριάρχησε η αντίληψη του Κυβερνήτη ότι πρώτευε η βασική εκπαίδευση και η ηθική, με βάση τις αρχές της ορθόδοξης παράδοσης, διαπαιδαγώγηση όσο το δυνατόν περισσότερων νέων και όχι μια ανώτερη μόρφωση, που θα ερχόταν αργότερα, σε ομαλότερες οικονομικές και κοινωνικές συνθήκες. Αντίληψη που προκάλεσε ποικίλες αντιδράσεις μεταξύ των σπουδασμένων Ελλήνων, με κορυφαίο τον Αδαμάντιο Κοραή.
Στους στόχους του ο Κυβερνήτης είχε τη ενεργή συμπαράσταση της Γαλλίας και της Ρωσίας, που του παρείχαν οικονομική βοήθεια και διπλωματική υποστήριξη. Η Αγγλία, αντίθετα, που τον υποπτευόταν ως όργανο της Ρωσίας, αρνήθηκε από την αρχή κάθε υποστήριξη στο έργο του, προσπάθησε μάλιστα να περιορίσει την ελεύθερη Ελλάδα στην Πελοπόννησο και τα παρακείμενα νησιά.
Η αλλαγή του καθεστώτος στη Γαλλία με την επανάσταση του Ιουλίου 1830 ανέτρεψε τον ευνοϊκό έως τότε συσχετισμό των προστάτιδων δυνάμεων υπέρ του. Ο φιλελευθερισμός που αποδεσμεύτηκε από το γεγονός αυτό συνετέλεσε ώστε οι κατηγορίες της αντιπολίτευσης για αυταρχικότητα να ακουστούν ευνοϊκά στη Γαλλία με αποτέλεσμα η νέα γαλλική Κυβέρνηση να αναστείλει την οικονομική της βοήθεια προς την Ελλάδα και οι στρατιωτικές της δυνάμεις στην Πελοπόννησο να αντιμετωπίζουν ευνοϊκά τα αιτήματα της αντιπολίτευσης για συνταγματικές ελευθερίες. Μόνον η Ρωσία εξακολουθούσε να υποστηρίζει χωρίς ενδοιασμούς την καποδιστριακή πολιτική. Αλλά η μονοδιάστατη αυτή υποστήριξη διευκόλυνε όσους επέμεναν να τον κατηγορούν για εξάρτηση από τη ρωσική πολιτική, εξάρτηση που δεν αποδεικνύεται από τις πηγές.
Τα μέτρα που ο Κυβερνήτης έλαβε για την οργάνωση τους κράτους έθιξαν τις παραδοσιακές δυνάμεις (προκρίτους, οπλαρχηγούς κλπ.) γιατί είδαν ότι σταδιακά τούς αφαιρούνταν τα μέσα για να ασκούν οικονομική, κοινωνική και πολιτική επιρροή στους πληθυσμούς. Όσοι δεν ανήκαν στις δυνάμεις αυτές (πολιτικοί, διανοούμενοι κλπ.) αντέδρασαν γατί παραγκωνίστηκαν από μια Κυβέρνηση που ήθελε να κυβερνά συγκεντρωτικά και να επιλέγει για συνεργάτες μόνον όσους ήταν πρόθυμοι να εφαρμόσουν την πολιτική της.
Οι δυνατότητες της αντιπολίτευσης, που σταδιακά συγκροτήθηκε, διευρύνθηκαν στις αρχές του 1830 όταν με την ανάδειξη από τις τρεις δυνάμεις της Ελλάδας σε ανεξάρτητο κράτος θα προσδιοριστεί, ερήμην των Ελλήνων, και το πολίτευμά της και θα εκλεγεί ως πρώτος ηγεμόνας της ο Λεοπόλδος. Και ναι μεν θα παραιτηθεί ο Λεοπόλδος λίγους μήνες μετά την εκλογή του, αλλά το κύρος του Κυβερνήτη είχε τρωθεί αφού η εξουσία του είχε λάβει πλέον προσωρινό χαρακτήρα, μέχρι δηλαδή την εκλογή από τις δυνάμεις νέου ηγεμόνα.
Στη συνέχεια η αντιπολίτευση θα εκμεταλλευτεί τη νέα συγκυρία που προέκυψε από την Ιουλιανή Επανάσταση και θα αυξήσει τα αιτήματά της για την επάνοδο σε συνταγματική μορφή διακυβέρνησης. Από τις αρχές του 1831 οι αντικαποδιστριακοί ένιωσαν αρκετά ισχυροί για να περάσουν σε επαναστατική δράση με σημαντικά προπύργια τη Μάνη, την Ύδρα, την Ερμούπολη και αλλού. Ο Κυβερνήτης αρνήθηκε κάποιες υποχωρήσεις που θα διασπούσαν τους αντιπάλους του. Επέμενε στην ορθότητα των δικών του επιλογών. Στην έξαρση της διαμάχης, που είχε πάρει δραματικό πλέον χαρακτήρα, ο Καποδίστριας δολοφονήθηκε από τους Μαυρομιχαλαίους, την ισχυρή αυτή οικογένεια της Μάνης που τα κυβερνητικά μέτρα την είχαν πλήξει καίρια.